本格的な夏を前にしたこの時期、毎年「夏越し大祓式（水無月祓い）」の神事を行います。このお祭りは、半年間の無事を感謝するとともに、残りの半年間の息災を祈願するものです。奈良時代の宮中行事であり、日本最古の宗教儀礼とも言われています。
拝殿の前の庭に青竹（忌竹）を四方に立てた結界がつくられ、正面に直系1.8mくらいの茅の輪が置かれます。まず神主を先頭に茅の輪をくぐり、氏子総代、参拝者と続いてくぐっていき結界に入ります。参拝者は白紙で作られた「人形」に息を3度吹きかけて、半年間の罪穢れをここに移し、神主の大祓いの祝詞が奏上されます。その後、1.5cm角に切った麻（紙で代用）とご弊をつけた茅で自身を祓い清め、終わると使用済みの三宝に移します。この時、各自は家で切ってきた手足の爪を紙に包んで持参し、ここに置いていただく。最後に結界を切って、使い終わった茅の輪、忌竹、人形、麻、爪を神社の東側を流れる初瀬川（大和川）に流して終了です。
古くから現代に引き継がれてきたこの神事には、暑く厳しい奈良盆地の夏を無事に過ごしたいという古人の素朴な願いが込められています。